船員法の規定に基づき医師を乗り組ませなければならない船舶が、疾病予防並びに疾病及び障害の治療のため、有効な特別の措置を講じていると国土交通大臣が認めた場合には、医師の配乗義務が免除されることになっています。これら免除条件の一つを満たすため、海外及び国内における医療体制の整備を図る実施機関として、社団法人外航船員医療事業団が1981年8月1日に主要な外航海運会社によって設立されました。

その後、公益法人制度改革関連三法の施行により、2012年4月1日に一般社団法人に移行し、現在に至ってます。